Dipende dalle sue dimensioni e dalle caratteristiche: le piccole cisti funzionali spesso si risolvono da sole e richiedono solo monitoraggio con ecografia. Per le cisti più grandi o sintomatiche, si possono usare antidolorifici, contraccettivi orali o, nei casi persistenti o sospetti di malignità, un intervento chirurgico minimamente invasivo come la laparoscopia.